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Comprehensive Molecular Characterization of the Hippo Signaling Pathway in Cancer Journal article
Wang Y., Xu X., Maglic D., Dill M.T., Mojumdar K., Ng P.K.-S., Jeong K.J., Tsang Y.H., Moreno D., Bhavana V.H., Peng X., Ge Z., Chen H., Li J., Chen Z., Zhang H., Han L., Du D., Creighton C.J., Mills G.B., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Gonzalez A.M.A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E.M.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Camargo F., Liang H.. Comprehensive Molecular Characterization of the Hippo Signaling Pathway in Cancer[J]. Cell Reports, 2018, 25(5), 1304-1317.e5.
Authors:  Wang Y.;  Xu X.;  Maglic D.;  Dill M.T.;  Mojumdar K.; et al.
Favorite | TC[WOS]:303 TC[Scopus]:304 | Submit date：2019/01/16
Driver Mutation  Mirna Regulation  Pan-cancer Analysis  Pathway Activity  Prognostic Power  Taz  Tcga  Tumor Subtype  Yap  
A Pan-Cancer Analysis Reveals High-Frequency Genetic Alterations in Mediators of Signaling by the TGF-β Superfamily Journal article
Korkut A., Zaidi S., Kanchi R.S., Rao S., Gough N.R., Schultz A., Li X., Lorenzi P.L., Berger A.C., Robertson G., Kwong L.N., Datto M., Roszik J., Ling S., Ravikumar V., Manyam G., Rao A., Shelley S., Liu Y., Ju Z., Hansel D., de Velasco G., Pennathur A., Andersen J.B., O'Rourke C.J., Ohshiro K., Jogunoori W., Nguyen B.-N., Li S., Osmanbeyoglu H.U., Ajani J.A., Mani S.A., Houseman A., Wiznerowicz M., Chen J., Gu S., Ma W., Zhang J., Tong P., Cherniack A.D., Deng C., Resar L., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Angulo Gonzalez A.M., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Mora Pinero E.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Weinstein J.N., Mishra L., Akbani R., Korkut A., Zaidi S., Kanchi R.S., Rao S., Gough N.R., Schultz A., Li X., Lorenzi P.L., Berger A.C., Robertson G., Kwong L.N., Datto M., Roszik J., Ling S., Ravikumar V., Manyam G., Rao A., Shelley S., Liu Y., Ju Z., Hansel D., de Velasco G., Pennathur A., Andersen J.B., O'Rourke C.J., Ohshiro K., Jogunoori W., Nguyen B.-N., Li S., Osmanbeyoglu H.U., Ajani J.A., Mani S.A., Houseman A., Wiznerowicz M., Chen J., Gu S., Ma W., Zhang J., Tong P., Cherniack A.D., Deng C., Resar L., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Angulo Gonzalez A.M., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Mora Pinero E.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Weinstein J.N., Mishra L., Akbani R.. A Pan-Cancer Analysis Reveals High-Frequency Genetic Alterations in Mediators of Signaling by the TGF-β Superfamily[J]. Cell Systems, 2018, 7(4), 422-437.e7.
Authors:  Korkut A.;  Zaidi S.;  Kanchi R.S.;  Rao S.;  Gough N.R.; et al.
Favorite | TC[WOS]:123 TC[Scopus]:128 | Submit date：2018/12/13
Cancer  Dna Methylation  Microrna  Mutation Hotspot  Pan-cancer  Tcga  Tgf-β  Tgf-β Pathway  The Cancer Genome Atlas  Transcription  
Comprehensive Analysis of Alternative Splicing Across Tumors from 8,705 Patients Journal article
Kahles A., Lehmann K.-V., Toussaint N.C., Huser M., Stark S.G., Sachsenberg T., Stegle O., Kohlbacher O., Sander C., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Angulo Gonzalez A.M., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Mora Pinero E.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Ratsch G.. Comprehensive Analysis of Alternative Splicing Across Tumors from 8,705 Patients[J]. Cancer Cell, 2018, 34(2), 211-224.e6.
Authors:  Kahles A.;  Lehmann K.-V.;  Toussaint N.C.;  Huser M.;  Stark S.G.; et al.
Favorite | TC[WOS]:561 TC[Scopus]:580 | Submit date：2019/01/16
Alternative Splicing  Cancer  Cptac  Exome  Gtex  Immunoediting  Immunotherapy  Ms Proteomics  Neoantigens  Rna-seq  Splicing Qtl  Tcga  Tcga Pan-cancer Atlas  Tumor-specific Splicing  
The Immune Landscape of Cancer Journal article
Thorsson V., Gibbs D.L., Brown S.D., Wolf D., Bortone D.S., Ou Yang T.-H., Porta-Pardo E., Gao G.F., Plaisier C.L., Eddy J.A., Ziv E., Culhane A.C., Paull E.O., Sivakumar I.K.A., Gentles A.J., Malhotra R., Farshidfar F., Colaprico A., Parker J.S., Mose L.E., Vo N.S., Liu J., Liu Y., Rader J., Dhankani V., Reynolds S.M., Bowlby R., Califano A., Cherniack A.D., Anastassiou D., Bedognetti D., Rao A., Chen K., Krasnitz A., Hu H., Malta T.M., Noushmehr H., Pedamallu C.S., Bullman S., Ojesina A.I., Lamb A., Zhou W., Shen H., Choueiri T.K., Weinstein J.N., Guinney J., Saltz J., Holt R.A., Rabkin C.E., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Gonzalez A.M.A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch O., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E.M.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Lazar A.J., Serody J.S., Demicco E.G., Disis M.L., Vincent B.G., Shmulevich L.. The Immune Landscape of Cancer[J]. Immunity, 2018, 48(4), 812-830.e14.
Authors:  Thorsson V.;  Gibbs D.L.;  Brown S.D.;  Wolf D.;  Bortone D.S.; et al.
Favorite | TC[WOS]:382 TC[Scopus]:3483 | Submit date：2019/01/16
Cancer Genomics  Immune Subtypes  Immuno-oncology  Immunomodulatory  Immunotherapy  Integrative Network Analysis  Tumor Immunology  Tumor Microenvironment  
Comparative Molecular Analysis of Gastrointestinal Adenocarcinomas Journal article
Liu Y., Sethi N.S., Hinoue T., Schneider B.G., Cherniack A.D., Sanchez-Vega F., Seoane J.A., Farshidfar F., Bowlby R., Islam M., Kim J., Chatila W., Akbani R., Kanchi R.S., Rabkin C.S., Willis J.E., Wang K.K., McCall S.J., Mishra L., Ojesina A.I., Bullman S., Pedamallu C.S., Lazar A.J., Sakai R., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Gonzalez A.M.A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E.M.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Thorsson V., Bass A.J., Laird P.W.. Comparative Molecular Analysis of Gastrointestinal Adenocarcinomas[J]. Cancer Cell, 2018, 33(4), 721-735.e8.
Authors:  Liu Y.;  Sethi N.S.;  Hinoue T.;  Schneider B.G.;  Cherniack A.D.; et al.
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Cancer  Colon  Colorectal  Epigenetic  Esophagus  Genomic  Methylation  Rectum  Stomach  Tumor  
lncRNA Epigenetic Landscape Analysis Identifies EPIC1 as an Oncogenic lncRNA that Interacts with MYC and Promotes Cell-Cycle Progression in Cancer Journal article
Wang Z., Yang B., Zhang M., Guo W., Wu Z., Wang Y., Jia L., Li S., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Gonzalez A.M.A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E.M.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Xie W., Yang D.. lncRNA Epigenetic Landscape Analysis Identifies EPIC1 as an Oncogenic lncRNA that Interacts with MYC and Promotes Cell-Cycle Progression in Cancer[J]. Cancer Cell, 2018, 33(4), 706-720.e9.
Authors:  Wang Z.;  Yang B.;  Zhang M.;  Guo W.;  Wu Z.; et al.
Favorite | TC[WOS]:368 TC[Scopus]:374 | Submit date：2019/01/16
Breast Cancer  Cimp  Ensg00000224271  Epic1  Loc284930  Long Noncoding Rna  Myc  P21  Tcga Pan-cancer  
A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers Journal article
Berger A.C., Korkut A., Kanchi R.S., Hegde A.M., Lenoir W., Liu W., Liu Y., Fan H., Shen H., Ravikumar V., Rao A., Schultz A., Li X., Sumazin P., Williams C., Mestdagh P., Gunaratne P.H., Yau C., Bowlby R., Robertson A.G., Tiezzi D.G., Wang C., Cherniack A.D., Godwin A.K., Kuderer N.M., Rader J.S., Zuna R.E., Sood A.K., Lazar A.J., Ojesina A.I., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Baggerly K.A., Chen T.-W., Chiu H.-S., Lefever S., Liu L., MacKenzie K., Orsulic S., Roszik J., Shelley C.S., Song Q., Vellano C.P., Wentzensen N., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Ju Z., Li J., Liang H., Ling S., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Beroukhim R., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Hinoue T., Laird P.W., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Angulo Gonzalez A.M., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Madan R., Rosenthal H.G., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Mora Pinero E.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A.. A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers[J]. Cancer Cell, 2018, 33(4), 690-705.e9.
Authors:  Berger A.C.;  Korkut A.;  Kanchi R.S.;  Hegde A.M.;  Lenoir W.; et al.
Favorite | TC[WOS]:402 TC[Scopus]:417 | Submit date：2019/01/16
Breast Cancer  Cervical Cancer  Gynecologic Cancer  Omics  Ovarian Cancer  Pan-gynecologic  Tcga  The Cancer Genome Atlas  Uterine Cancer  Uterine Carcinosarcoma  
Genomic and Functional Approaches to Understanding Cancer Aneuploidy Journal article
Taylor A.M., Shih J., Ha G., Gao G.F., Zhang X., Berger A.C., Schumacher S.E., Wang C., Hu H., Liu J., Lazar A.J., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Angulo Gonzalez A.M., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Mora Pinero E.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Cherniack A.D., Beroukhim R., Meyerson M.. Genomic and Functional Approaches to Understanding Cancer Aneuploidy[J]. Cancer Cell, 2018, 33(4), 676-689.e3.
Authors:  Taylor A.M.;  Shih J.;  Ha G.;  Gao G.F.;  Zhang X.; et al.
Favorite | TC[WOS]:640 TC[Scopus]:644 | Submit date：2019/01/16
Aneuploidy  Cancer Genomics  Genome Engineering  Lung Squamous Cell Carcinoma  
An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics Journal article
Liu J., Lichtenberg T., Hoadley K.A., Poisson L.M., Lazar A.J., Cherniack A.D., Kovatich A.J., Benz C., Levine D.A., Lee A.V., Omberg L., Wolf D.M., Shriver C.D., Thorsson V., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbro E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Angulo Gonzalez A.M., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Mora Pinero E.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Hu H.. An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics[J]. Cell, 2018, 173(2), 400-416.e11.
Authors:  Liu J.;  Lichtenberg T.;  Hoadley K.A.;  Poisson L.M.;  Lazar A.J.; et al.
Favorite | TC[WOS]:2138 TC[Scopus]:2168 | Submit date：2019/01/16
Clinical Data Resource  Cox Proportional Hazards Regression Model  Disease-free Interval  Disease-specific Survival  Follow-up Time  Overall Survival  Progression-free Interval  Tcga  The Cancer Genome Atlas  Translational Research  
A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9000 Patient Samples Journal article
Chen H., Li C., Peng X., Zhou Z., Weinstein J.N., Caesar-Johnson S.J., Demchok J.A., Felau I., Kasapi M., Ferguson M.L., Hutter C.M., Sofia H.J., Tarnuzzer R., Wang Z., Yang L., Zenklusen J.C., Zhang J.J., Chudamani S., Liu J., Lolla L., Naresh R., Pihl T., Sun Q., Wan Y., Wu Y., Cho J., DeFreitas T., Frazer S., Gehlenborg N., Getz G., Heiman D.I., Kim J., Lawrence M.S., Lin P., Meier S., Noble M.S., Saksena G., Voet D., Zhang H., Bernard B., Chambwe N., Dhankani V., Knijnenburg T., Kramer R., Leinonen K., Liu Y., Miller M., Reynolds S., Shmulevich I., Thorsson V., Zhang W., Akbani R., Broom B.M., Hegde A.M., Ju Z., Kanchi R.S., Korkut A., Li J., Liang H., Ling S., Liu W., Lu Y., Mills G.B., Ng K.-S., Rao A., Ryan M., Wang J., Weinstein J.N., Zhang J., Abeshouse A., Armenia J., Chakravarty D., Chatila W.K., de Bruijn I., Gao J., Gross B.E., Heins Z.J., Kundra R., La K., Ladanyi M., Luna A., Nissan M.G., Ochoa A., Phillips S.M., Reznik E., Sanchez-Vega F., Sander C., Schultz N., Sheridan R., Sumer S.O., Sun Y., Taylor B.S., Wang J., Zhang H., Anur P., Peto M., Spellman P., Benz C., Stuart J.M., Wong C.K., Yau C., Hayes D.N., Parker J.S., Wilkerson M.D., Ally A., Balasundaram M., Bowlby R., Brooks D., Carlsen R., Chuah E., Dhalla N., Holt R., Jones S.J.M., Kasaian K., Lee D., Ma Y., Marra M.A., Mayo M., Moore R.A., Mungall A.J., Mungall K., Robertson A.G., Sadeghi S., Schein J.E., Sipahimalani P., Tam A., Thiessen N., Tse K., Wong T., Berger A.C., Beroukhim R., Cherniack A.D., Cibulskis C., Gabriel S.B., Gao G.F., Ha G., Meyerson M., Schumacher S.E., Shih J., Kucherlapati M.H., Kucherlapati R.S., Baylin S., Cope L., Danilova L., Bootwalla M.S., Lai P.H., Maglinte D.T., Van Den Berg D.J., Weisenberger D.J., Auman J.T., Balu S., Bodenheimer T., Fan C., Hoadley K.A., Hoyle A.P., Jefferys S.R., Jones C.D., Meng S., Mieczkowski P.A., Mose L.E., Perou A.H., Perou C.M., Roach J., Shi Y., Simons J.V., Skelly T., Soloway M.G., Tan D., Veluvolu U., Fan H., Hinoue T., Laird P.W., Shen H., Zhou W., Bellair M., Chang K., Covington K., Creighton C.J., Dinh H., Doddapaneni H., Donehower L.A., Drummond J., Gibbs R.A., Glenn R., Hale W., Han Y., Hu J., Korchina V., Lee S., Lewis L., Li W., Liu X., Morgan M., Morton D., Muzny D., Santibanez J., Sheth M., Shinbrot E., Wang L., Wang M., Wheeler D.A., Xi L., Zhao F., Hess J., Appelbaum E.L., Bailey M., Cordes M.G., Ding L., Fronick C.C., Fulton L.A., Fulton R.S., Kandoth C., Mardis E.R., McLellan M.D., Miller C.A., Schmidt H.K., Wilson R.K., Crain D., Curley E., Gardner J., Lau K., Mallery D., Morris S., Paulauskis J., Penny R., Shelton C., Shelton T., Sherman M., Thompson E., Yena P., Bowen J., Gastier-Foster J.M., Gerken M., Leraas K.M., Lichtenberg T.M., Ramirez N.C., Wise L., Zmuda E., Corcoran N., Costello T., Hovens C., Carvalho A.L., de Carvalho A.C., Fregnani J.H., Longatto-Filho A., Reis R.M., Scapulatempo-Neto C., Silveira H.C.S., Vidal D.O., Burnette A., Eschbacher J., Hermes B., Noss A., Singh R., Anderson M.L., Castro P.D., Ittmann M., Huntsman D., Kohl B., Le X., Thorp R., Andry C., Duffy E.R., Lyadov V., Paklina O., Setdikova G., Shabunin A., Tavobilov M., McPherson C., Warnick R., Berkowitz R., Cramer D., Feltmate C., Horowitz N., Kibel A., Muto M., Raut C.P., Malykh A., Barnholtz-Sloan J.S., Barrett W., Devine K., Fulop J., Ostrom Q.T., Shimmel K., Wolinsky Y., Sloan A.E., De Rose A., Giuliante F., Goodman M., Karlan B.Y., Hagedorn C.H., Eckman J., Harr J., Myers J., Tucker K., Zach L.A., Deyarmin B., Hu H., Kvecher L., Larson C., Mural R.J., Somiari S., Vicha A., Zelinka T., Bennett J., Iacocca M., Rabeno B., Swanson P., Latour M., Lacombe L., Tetu B., Bergeron A., McGraw M., Staugaitis S.M., Chabot J., Hibshoosh H., Sepulveda A., Su T., Wang T., Potapova O., Voronina O., Desjardins L., Mariani O., Roman-Roman S., Sastre X., Stern M.-H., Cheng F., Signoretti S., Berchuck A., Bigner D., Lipp E., Marks J., McCall S., McLendon R., Secord A., Sharp A., Behera M., Brat D.J., Chen A., Delman K., Force S., Khuri F., Magliocca K., Maithel S., Olson J.J., Owonikoko T., Pickens A., Ramalingam S., Shin D.M., Sica G., Van Meir E.G., Zhang H., Eijckenboom W., Gillis A., Korpershoek E., Looijenga L., Oosterhuis W., Stoop H., van Kessel K.E., Zwarthoff E.C., Calatozzolo C., Cuppini L., Cuzzubbo S., DiMeco F., Finocchiaro G., Mattei L., Perin A., Pollo B., Chen C., Houck J., Lohavanichbutr P., Hartmann A., Stoehr C., Stoehr R., Taubert H., Wach S., Wullich B., Kycler W., Murawa D., Wiznerowicz M., Chung K., Edenfield W.J., Martin J., Baudin E., Bubley G., Bueno R., De Rienzo A., Richards W.G., Kalkanis S., Mikkelsen T., Noushmehr H., Scarpace L., Girard N., Aymerich M., Campo E., Gine E., Guillermo A.L., Van Bang N., Hanh P.T., Phu B.D., Tang Y., Colman H., Evason K., Dottino P.R., Martignetti J.A., Gabra H., Juhl H., Akeredolu T., Stepa S., Hoon D., Ahn K., Kang K.J., Beuschlein F., Breggia A., Birrer M., Bell D., Borad M., Bryce A.H., Castle E., Chandan V., Cheville J., Copland J.A., Farnell M., Flotte T., Giama N., Ho T., Kendrick M., Kocher J.-P., Kopp K., Moser C., Nagorney D., O'Brien D., O'Neill B.P., Patel T., Petersen G., Que F., Rivera M., Roberts L., Smallridge R., Smyrk T., Stanton M., Thompson R.H., Torbenson M., Yang J.D., Zhang L., Brimo F., Ajani J.A., Gonzalez A.M.A., Behrens C., Bondaruk J., Broaddus R., Czerniak B., Esmaeli B., Fujimoto J., Gershenwald J., Guo C., Lazar A.J., Logothetis C., Meric-Bernstam F., Moran C., Ramondetta L., Rice D., Sood A., Tamboli P., Thompson T., Troncoso P., Tsao A., Wistuba I., Carter C., Haydu L., Hersey P., Jakrot V., Kakavand H., Kefford R., Lee K., Long G., Mann G., Quinn M., Saw R., Scolyer R., Shannon K., Spillane A., Stretch J., Synott M., Thompson J., Wilmott J., Al-Ahmadie H., Chan T.A., Ghossein R., Gopalan A., Levine D.A., Reuter V., Singer S., Singh B., Tien N.V., Broudy T., Mirsaidi C., Nair P., Drwiega P., Miller J., Smith J., Zaren H., Park J.-W., Hung N.P., Kebebew E., Linehan W.M., Metwalli A.R., Pacak K., Pinto P.A., Schiffman M., Schmidt L.S., Vocke C.D., Wentzensen N., Worrell R., Yang H., Moncrieff M., Goparaju C., Melamed J., Pass H., Botnariuc N., Caraman I., Cernat M., Chemencedji I., Clipca A., Doruc S., Gorincioi G., Mura S., Pirtac M., Stancul I., Tcaciuc D., Albert M., Alexopoulou I., Arnaout A., Bartlett J., Engel J., Gilbert S., Parfitt J., Sekhon H., Thomas G., Rassl D.M., Rintoul R.C., Bifulco C., Tamakawa R., Urba W., Hayward N., Timmers H., Antenucci A., Facciolo F., Grazi G., Marino M., Merola R., de Krijger R., Gimenez-Roqueplo A.-P., Piche A., Chevalier S., McKercher G., Birsoy K., Barnett G., Brewer C., Farver C., Naska T., Pennell N.A., Raymond D., Schilero C., Smolenski K., Williams F., Morrison C., Borgia J.A., Liptay M.J., Pool M., Seder C.W., Junker K., Omberg L., Dinkin M., Manikhas G., Alvaro D., Bragazzi M.C., Cardinale V., Carpino G., Gaudio E., Chesla D., Cottingham S., Dubina M., Moiseenko F., Dhanasekaran R., Becker K.-F., Janssen K.-P., Slotta-Huspenina J., Abdel-Rahman M.H., Aziz D., Bell S., Cebulla C.M., Davis A., Duell R., Elder J.B., Hilty J., Kumar B., Lang J., Lehman N.L., Mandt R., Nguyen P., Pilarski R., Rai K., Schoenfield L., Senecal K., Wakely P., Hansen P., Lechan R., Powers J., Tischler A., Grizzle W.E., Sexton K.C., Kastl A., Henderson J., Porten S., Waldmann J., Fassnacht M., Asa S.L., Schadendorf D., Couce M., Graefen M., Huland H., Sauter G., Schlomm T., Simon R., Tennstedt P., Olabode O., Nelson M., Bathe O., Carroll P.R., Chan J.M., Disaia P., Glenn P., Kelley R.K., Landen C.N., Phillips J., Prados M., Simko J., Smith-McCune K., VandenBerg S., Roggin K., Fehrenbach A., Kendler A., Sifri S., Steele R., Jimeno A., Carey F., Forgie I., Mannelli M., Carney M., Hernandez B., Campos B., Herold-Mende C., Jungk C., Unterberg A., von Deimling A., Bossler A., Galbraith J., Jacobus L., Knudson M., Knutson T., Ma D., Milhem M., Sigmund R., Godwin A.K., Madan R., Rosenthal H.G., Adebamowo C., Adebamowo S.N., Boussioutas A., Beer D., Giordano T., Mes-Masson A.-M., Saad F., Bocklage T., Landrum L., Mannel R., Moore K., Moxley K., Postier R., Walker J., Zuna R., Feldman M., Valdivieso F., Dhir R., Luketich J., Pinero E.M.M., Quintero-Aguilo M., Carlotti C.G., Dos Santos J.S., Kemp R., Sankarankuty A., Tirapelli D., Catto J., Agnew K., Swisher E., Creaney J., Robinson B., Shelley C.S., Godwin E.M., Kendall S., Shipman C., Bradford C., Carey T., Haddad A., Moyer J., Peterson L., Prince M., Rozek L., Wolf G., Bowman R., Fong K.M., Yang I., Korst R., Rathmell W.K., Fantacone-Campbell J.L., Hooke J.A., Kovatich A.J., Shriver C.D., DiPersio J., Drake B., Govindan R., Heath S., Ley T., Van Tine B., Westervelt P., Rubin M.A., Lee J.I., Aredes N.D., Mariamidze A., Liang H.. A Pan-Cancer Analysis of Enhancer Expression in Nearly 9000 Patient Samples[J]. Cell, 2018, 173(2), 386-399.e12.
Authors:  Chen H.;  Li C.;  Peng X.;  Zhou Z.;  Weinstein J.N.; et al.
Favorite | TC[WOS]:201 TC[Scopus]:203 | Submit date：2019/01/16
Aneuploidy  Chromatin State  Enhancer Expression  Mutation Burden  Pan-cancer Analysis  Pd-l1 Expression  Prognostic Markers  The Cancer Genome Atlas