Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations

doi:10.1016/j.cell.2018.02.060

Residential College	false
Status	已發表Published
	Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations
	Bailey M.H.1; Tokheim C.3; Porta-Pardo E.22; Sengupta S.1; Bertrand D.6; Weerasinghe A.1; Colaprico A.4; Wendl M.C.1; Kim J.11; Reardon B.11; Ng P.K.-S.2; Jeong K.J.2; Cao S.1; Wang Z.2; Gao J.17; Gao Q.1; Wang F.2; Liu E.M.7; Mularoni L.10; Rubio-Perez C.10; Nagarajan N.6; Cortes-Ciriano I.18; Zhou D.C.1; Liang W.-W.1; Hess J.M.11; Yellapantula V.D.1; Tamborero D.10; Gonzalez-Perez A.10; Suphavilai C.6; Ko J.Y.6; Khurana E.7; Park P.J.18; Van Allen E.M.11; Liang H.2; Caesar-Johnson S.J.; Demchok J.A.; Felau I.; Kasapi M.; Ferguson M.L.; Hutter C.M.; Sofia H.J.; Tarnuzzer R.; Yang L.; Zenklusen J.C.; Zhang J.J.; Chudamani S.; Liu J.; Lolla L.; Naresh R.; Pihl T.; Sun Q.; Wan Y.; Wu Y.; Cho J.; DeFreitas T.; Frazer S.; Gehlenborg N.; Getz G.11; Heiman D.I.; Lawrence M.S.11; Lin P.; Meier S.; Noble M.S.; Saksena G.; Voet D.; Zhang H.; Bernard B.; Chambwe N.; Dhankani V.; Knijnenburg T.; Kramer R.; Leinonen K.; Liu Y.; Miller M.; Reynolds S.; Shmulevich I.; Thorsson V.; Zhang W.; Akbani R.; Broom B.M.; Hegde A.M.; Ju Z.; Kanchi R.S.; Korkut A.; Li J.; Ling S.; Liu W.; Lu Y.; Mills G.B.2; Ng K.-S.; Rao A.; Ryan M.; Wang J.; Weinstein J.N.; Zhang J.; Abeshouse A.; Armenia J.; Chakravarty D.; Chatila W.K.; de Bruijn I.; Gross B.E.; Heins Z.J.; Kundra R.; La K.; Ladanyi M.; Luna A.; Nissan M.G.; Ochoa A.; Phillips S.M.; Reznik E.; Sanchez-Vega F.; Sander C.; Schultz N.; Sheridan R.; Sumer S.O.; Sun Y.; Taylor B.S.; Anur P.; Peto M.; Spellman P.; Benz C.; Stuart J.M.; Wong C.K.; Yau C.; Hayes D.N.; Parker J.S.; Wilkerson M.D.; Ally A.; Balasundaram M.; Bowlby R.; Brooks D.; Carlsen R.; Chuah E.; Dhalla N.; Holt R.; Jones S.J.M.; Kasaian K.; Lee D.; Ma Y.; Marra M.A.; Mayo M.; Moore R.A.; Mungall A.J.; Mungall K.; Robertson A.G.; Sadeghi S.; Schein J.E.; Sipahimalani P.; Tam A.; Thiessen N.; Tse K.; Wong T.; Berger A.C.; Beroukhim R.; Cherniack A.D.; Cibulskis C.; Gabriel S.B.; Gao G.F.; Ha G.; Meyerson M.; Schumacher S.E.; Shih J.; Kucherlapati M.H.; Kucherlapati R.S.; Baylin S.; Cope L.; Danilova L.; Bootwalla M.S.; Lai P.H.; Maglinte D.T.; Van Den Berg D.J.; Weisenberger D.J.; Auman J.T.; Balu S.; Bodenheimer T.; Fan C.; Hoadley K.A.; Hoyle A.P.; Jefferys S.R.; Jones C.D.; Meng S.; Mieczkowski P.A.; Mose L.E.; Perou A.H.; Perou C.M.; Roach J.; Shi Y.; Simons J.V.; Skelly T.; Soloway M.G.; Tan D.; Veluvolu U.; Fan H.; Hinoue T.; Laird P.W.; Shen H.; Zhou W.; Bellair M.; Chang K.; Covington K.; Creighton C.J.; Dinh H.; Doddapaneni H.; Donehower L.A.; Drummond J.; Gibbs R.A.; Glenn R.; Hale W.; Han Y.; Hu J.; Korchina V.; Lee S.; Lewis L.; Li W.; Liu X.; Morgan M.; Morton D.; Muzny D.; Santibanez J.; Sheth M.; Shinbrot E.; Wang L.; Wang M.; Wheeler D.A.; Xi L.; Zhao F.; Hess J.; Appelbaum E.L.; Bailey M.; Cordes M.G.; Ding L.1; Fronick C.C.; Fulton L.A.; Fulton R.S.; Kandoth C.; Mardis E.R.; McLellan M.D.; Miller C.A.; Schmidt H.K.; Wilson R.K.; Crain D.; Curley E.; Gardner J.; Lau K.; Mallery D.; Morris S.; Paulauskis J.; Penny R.; Shelton C.; Shelton T.; Sherman M.; Thompson E.; Yena P.; Bowen J.; Gastier-Foster J.M.; Gerken M.; Leraas K.M.; Lichtenberg T.M.; Ramirez N.C.; Wise L.; Zmuda E.; Corcoran N.; Costello T.; Hovens C.; Carvalho A.L.; de Carvalho A.C.; Fregnani J.H.; Longatto-Filho A.; Reis R.M.; Scapulatempo-Neto C.; Silveira H.C.S.; Vidal D.O.; Burnette A.; Eschbacher J.; Hermes B.; Noss A.; Singh R.; Anderson M.L.; Castro P.D.; Ittmann M.; Huntsman D.; Kohl B.; Le X.; Thorp R.; Andry C.; Duffy E.R.; Lyadov V.; Paklina O.; Setdikova G.; Shabunin A.; Tavobilov M.; McPherson C.; Warnick R.; Berkowitz R.; Cramer D.; Feltmate C.; Horowitz N.; Kibel A.; Muto M.; Raut C.P.; Malykh A.; Barnholtz-Sloan J.S.; Barrett W.; Devine K.; Fulop J.; Ostrom Q.T.; Shimmel K.; Wolinsky Y.; Sloan A.E.; De Rose A.; Giuliante F.; Goodman M.; Karlan B.Y.; Hagedorn C.H.; Eckman J.; Harr J.; Myers J.; Tucker K.; Zach L.A.; Deyarmin B.; Hu H.; Kvecher L.; Larson C.; Mural R.J.; Somiari S.; Vicha A.; Zelinka T.; Bennett J.; Iacocca M.; Rabeno B.; Swanson P.; Latour M.; Lacombe L.; Tetu B.; Bergeron A.; McGraw M.; Staugaitis S.M.; Chabot J.; Hibshoosh H.; Sepulveda A.; Su T.; Wang T.; Potapova O.; Voronina O.; Desjardins L.; Mariani O.; Roman-Roman S.; Sastre X.; Stern M.-H.; Cheng F.; Signoretti S.; Berchuck A.; Bigner D.; Lipp E.; Marks J.; McCall S.; McLendon R.; Secord A.; Sharp A.; Behera M.; Brat D.J.; Chen A.; Delman K.; Force S.; Khuri F.; Magliocca K.; Maithel S.; Olson J.J.; Owonikoko T.; Pickens A.; Ramalingam S.; Shin D.M.; Sica G.; Van Meir E.G.; Eijckenboom W.; Gillis A.; Korpershoek E.; Looijenga L.; Oosterhuis W.; Stoop H.; van Kessel K.E.; Zwarthoff E.C.; Calatozzolo C.; Cuppini L.; Cuzzubbo S.; DiMeco F.; Finocchiaro G.; Mattei L.; Perin A.; Pollo B.; Chen C.; Houck J.; Lohavanichbutr P.; Hartmann A.; Stoehr C.; Stoehr R.; Taubert H.; Wach S.; Wullich B.; Kycler W.; Murawa D.; Wiznerowicz M.; Chung K.; Edenfield W.J.; Martin J.; Baudin E.; Bubley G.; Bueno R.; De Rienzo A.; Richards W.G.; Kalkanis S.; Mikkelsen T.; Noushmehr H.; Scarpace L.; Girard N.; Aymerich M.; Campo E.; Gine E.; Guillermo A.L.; Van Bang N.; Hanh P.T.; Phu B.D.; Tang Y.; Colman H.; Evason K.; Dottino P.R.; Martignetti J.A.; Gabra H.; Juhl H.; Akeredolu T.; Stepa S.; Hoon D.; Ahn K.; Kang K.J.; Beuschlein F.; Breggia A.; Birrer M.; Bell D.; Borad M.; Bryce A.H.; Castle E.; Chandan V.; Cheville J.; Copland J.A.; Farnell M.; Flotte T.; Giama N.; Ho T.; Kendrick M.; Kocher J.-P.; Kopp K.; Moser C.; Nagorney D.; O'Brien D.; O'Neill B.P.; Patel T.; Petersen G.; Que F.; Rivera M.; Roberts L.; Smallridge R.; Smyrk T.; Stanton M.; Thompson R.H.; Torbenson M.; Yang J.D.; Zhang L.; Brimo F.; Ajani J.A.; Gonzalez A.M.A.; Behrens C.; Bondaruk J.; Broaddus R.; Czerniak B.; Esmaeli B.; Fujimoto J.; Gershenwald J.; Guo C.; Lazar A.J.2; Logothetis C.; Meric-Bernstam F.; Moran C.; Ramondetta L.; Rice D.; Sood A.; Tamboli P.; Thompson T.; Troncoso P.; Tsao A.; Wistuba I.; Carter C.; Haydu L.; Hersey P.; Jakrot V.; Kakavand H.; Kefford R.; Lee K.; Long G.; Mann G.; Quinn M.; Saw R.; Scolyer R.; Shannon K.; Spillane A.; Stretch J.; Synott M.; Thompson J.; Wilmott J.; Al-Ahmadie H.; Chan T.A.; Ghossein R.; Gopalan A.; Levine D.A.; Reuter V.; Singer S.; Singh B.; Tien N.V.; Broudy T.; Mirsaidi C.; Nair P.; Drwiega P.; Miller J.; Smith J.; Zaren H.; Park J.-W.; Hung N.P.; Kebebew E.; Linehan W.M.; Metwalli A.R.; Pacak K.; Pinto P.A.; Schiffman M.; Schmidt L.S.; Vocke C.D.; Wentzensen N.; Worrell R.; Yang H.; Moncrieff M.; Goparaju C.; Melamed J.; Pass H.; Botnariuc N.; Caraman I.; Cernat M.; Chemencedji I.; Clipca A.; Doruc S.; Gorincioi G.; Mura S.; Pirtac M.; Stancul I.; Tcaciuc D.; Albert M.; Alexopoulou I.; Arnaout A.; Bartlett J.; Engel J.; Gilbert S.; Parfitt J.; Sekhon H.; Thomas G.; Rassl D.M.; Rintoul R.C.; Bifulco C.; Tamakawa R.; Urba W.; Hayward N.; Timmers H.; Antenucci A.; Facciolo F.; Grazi G.; Marino M.; Merola R.; de Krijger R.; Gimenez-Roqueplo A.-P.; Piche A.; Chevalier S.; McKercher G.; Birsoy K.; Barnett G.; Brewer C.; Farver C.; Naska T.; Pennell N.A.; Raymond D.; Schilero C.; Smolenski K.; Williams F.; Morrison C.; Borgia J.A.; Liptay M.J.; Pool M.; Seder C.W.; Junker K.; Omberg L.; Dinkin M.; Manikhas G.; Alvaro D.; Bragazzi M.C.; Cardinale V.; Carpino G.; Gaudio E.; Chesla D.; Cottingham S.; Dubina M.; Moiseenko F.; Dhanasekaran R.; Becker K.-F.; Janssen K.-P.; Slotta-Huspenina J.; Abdel-Rahman M.H.; Aziz D.; Bell S.; Cebulla C.M.; Davis A.; Duell R.; Elder J.B.; Hilty J.; Kumar B.; Lang J.; Lehman N.L.; Mandt R.; Nguyen P.; Pilarski R.; Rai K.; Schoenfield L.; Senecal K.; Wakely P.; Hansen P.; Lechan R.; Powers J.; Tischler A.; Grizzle W.E.; Sexton K.C.; Kastl A.; Henderson J.; Porten S.; Waldmann J.; Fassnacht M.; Asa S.L.; Schadendorf D.; Couce M.; Graefen M.; Huland H.; Sauter G.; Schlomm T.; Simon R.; Tennstedt P.; Olabode O.; Nelson M.; Bathe O.; Carroll P.R.; Chan J.M.; Disaia P.; Glenn P.; Kelley R.K.; Landen C.N.; Phillips J.; Prados M.; Simko J.; Smith-McCune K.; VandenBerg S.; Roggin K.; Fehrenbach A.; Kendler A.; Sifri S.; Steele R.; Jimeno A.; Carey F.; Forgie I.; Mannelli M.; Carney M.; Hernandez B.; Campos B.; Herold-Mende C.; Jungk C.; Unterberg A.; von Deimling A.; Bossler A.; Galbraith J.; Jacobus L.; Knudson M.; Knutson T.; Ma D.; Milhem M.; Sigmund R.; Godwin A.K.; Madan R.; Rosenthal H.G.; Adebamowo C.; Adebamowo S.N.; Boussioutas A.; Beer D.; Giordano T.; Mes-Masson A.-M.; Saad F.; Bocklage T.; Landrum L.; Mannel R.; Moore K.; Moxley K.; Postier R.; Walker J.; Zuna R.; Feldman M.; Valdivieso F.; Dhir R.; Luketich J.; Pinero E.M.M.; Quintero-Aguilo M.; Carlotti C.G.; Dos Santos J.S.; Kemp R.; Sankarankuty A.; Tirapelli D.; Catto J.; Agnew K.; Swisher E.; Creaney J.; Robinson B.; Shelley C.S.; Godwin E.M.; Kendall S.; Shipman C.; Bradford C.; Carey T.; Haddad A.; Moyer J.; Peterson L.; Prince M.; Rozek L.; Wolf G.; Bowman R.; Fong K.M.; Yang I.; Korst R.; Rathmell W.K.; Fantacone-Campbell J.L.; Hooke J.A.; Kovatich A.J.; Shriver C.D.; DiPersio J.; Drake B.; Govindan R.; Heath S.; Ley T.; Van Tine B.; Westervelt P.; Rubin M.A.; Lee J.I.; Aredes N.D.; Mariamidze A.; Godzik A.9; Lopez-Bigas N.7; Stuart J.20; Wheeler D.12; Chen K.2; Karchin R.3
	2018-04-05
Source Publication	Cell
ISSN	10974172 00928674
Volume	173 Issue:2 Pages:371-385.e18
Abstract	Identifying molecular cancer drivers is critical for precision oncology. Multiple advanced algorithms to identify drivers now exist, but systematic attempts to combine and optimize them on large datasets are few. We report a PanCancer and PanSoftware analysis spanning 9,423 tumor exomes (comprising all 33 of The Cancer Genome Atlas projects) and using 26 computational tools to catalog driver genes and mutations. We identify 299 driver genes with implications regarding their anatomical sites and cancer/cell types. Sequence- and structure-based analyses identified >3,400 putative missense driver mutations supported by multiple lines of evidence. Experimental validation confirmed 60%–85% of predicted mutations as likely drivers. We found that >300 MSI tumors are associated with high PD-1/PD-L1, and 57% of tumors analyzed harbor putative clinically actionable events. Our study represents the most comprehensive discovery of cancer genes and mutations to date and will serve as a blueprint for future biological and clinical endeavors. A comprehensive analysis of oncogenic driver genes and mutations in >9,000 tumors across 33 cancer types highlights the prevalence of clinically actionable cancer driver events in TCGA tumor samples.
Keyword	Driver Gene Discovery Mutations Of Clinical Relevance Oncology Structure Analysis
DOI	10.1016/j.cell.2018.02.060
URL	View the original
Language	英語English
WOS ID	WOS:000429320200012
Scopus ID	2-s2.0-85044623848
Fulltext Access	View Full-Text via DOI View Full-Text via Web of Science View Full-Text via Scopus
Citation statistics
Document Type	Journal article
Collection	University of Macau
Affiliation	1.Washington University in St. Louis 2.University of Texas MD Anderson Cancer Center 3.Johns Hopkins University 4.Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels 5.Ludwig Center at Harvard 6.A-Star, Genome Institute of Singapore 7.Meyer Cancer Center 8.Massachusetts General Hospital Cancer Center 9.Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute 10.IRB Barcelona - Institute for Research in Biomedicine 11.Broad Institute 12.Baylor College of Medicine 13.University of Miami Leonard M. Miller School of Medicine 14.University of Cambridge 15.Dana-Farber Cancer Institute 16.Washington University School of Medicine in St. Louis 17.Memorial Sloan-Kettering Cancer Center 18.Harvard Medical School 19.Université libre de Bruxelles (ULB) 20.University of California, Santa Cruz 21.Institucio Catalana de Recerca I Estudis Avancats 22.Centro Nacional de Supercomputación
Recommended Citation GB/T 7714	Bailey M.H.,Tokheim C.,Porta-Pardo E.,et al. Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations[J]. Cell, 2018, 173(2), 371-385.e18.
APA	Bailey M.H.., Tokheim C.., Porta-Pardo E.., Sengupta S.., Bertrand D.., Weerasinghe A.., Colaprico A.., Wendl M.C.., Kim J.., Reardon B.., Ng P.K.-S.., Jeong K.J.., Cao S.., Wang Z.., Gao J.., Gao Q.., Wang F.., Liu E.M.., Mularoni L.., ...& Karchin R. (2018). Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations. Cell, 173(2), 371-385.e18.
MLA	Bailey M.H.,et al."Comprehensive Characterization of Cancer Driver Genes and Mutations".Cell 173.2(2018):371-385.e18.

Files in This Item:
There are no files associated with this item.

If you have any objections to this item, please fill out the form below and the administrator will contact you as soon as possible.
Content:
Email：	*
Affiliation No.
Verification Code:	Refresh

Any comments and suggestions are welcomed.
Title:	*
Content:
Email：	*
Verification Code:	Refresh