《日本教會史》一書對於天主教傳教史和中日文化史具有極其珍貴的價值。書稿基於編撰者在亞洲實地考察獲得的真實記錄編撰而成，其宏大的篇幅和廣泛的涉及面，不同於其他的教會史書。耶穌會授命葡萄牙傳教士羅德里格斯編撰《日本教會史》，係出於對他綜合能力的考量，而其他參與編撰的若干名耶穌會士能夠協助編撰，均得益於他們的拉丁語能力及日本學學問的精深；其中研究宗教的日本學者也作為助手，在書稿的編撰中起到了很大作用。《日本教會史》的現存版本有兩種：阿儒達版本和馬德里版本。《日本教會史》的日譯本是依據葡萄牙里斯本的阿儒達文庫所收藏的18世紀抄本翻譯而成的。羅德里格斯等人的這篇巨作當時並不為耶穌會長老重視，故並未受到符合其功績的評價。然而在當時的葡萄牙傳教士中，羅德里格斯等人是一個特殊的存在。他們為天主教亞洲傳教史做出的貢獻不容忽視。